Há 2 anos Jason Bourne (Matt Damon) achou que tivesse deixado para trás seu passado como assassino frio e calculista criado pela Treadstone. Desde então ele vem mantendo uma existência anônima, abrindo mão da estabilidade de ter um lar e se mudando com Marie (Franka Potente) sempre que surge a ameaça de ser descoberto. Quando um agente aparece na vila onde Jason e Marie vivem, eles não têm outra alternativa senão fugir. Porém um novo jogo internacional de perseguição faz com que Jason tenha que confrontar velhos inimigos.