Viajando pela galáxia, a nave colonizadora Covenant tem por objetivo chegar ao planeta Origae-6, bem distante da Terra. Um acidente cósmico antes de chegar ao seu destino faz com que Walter (Michael Fassbender), o andróide a bordo da espaçonave, seja obrigado a despertar os 17 tripulantes da missão. Logo Oram (Billy Crudup) precisa assumir o posto de capitão, devido a um acidente ocorrido no momento em que todos são despertos. Em meio aos necessários consertos, eles descobrem que nas proximidades há um planeta desconhecido, que abrigaria as condições necessárias para abrigar vida humana. Oram e sua equipe decidem ir ao local para investigá-lo, considerando até mesmo a possibilidade de deixar de lado a viagem até Origae-6 e se estabelecer por lá. Só que, ao chegar, eles rapidamente descobrem que o planeta abriga seres mortais.