O mais perigoso ex-agente da CIA Sai da Toca para descobrir verdades mais explosivas sobre seu passado. Jason Bourne está novamente sendo caçado pela CIA. Começa quando Nicky Parson, um ex-agente da CIA que ajudou Bourne, e que depois desapareceu, agora trabalha com um homem que quer expor as operações sujas da CIA. Então Nicky hackeia a CIA e baixa tudo de todas as Black Ops, incluindo Treadstone, da qual Bourne faz parte. O agente da CIA Heather Lee descobre o hack e avisa o diretor Dewey da CIA, o homem por trás das Black Ops. Dewey então ordena que Parsons seja encontrado e espera que Bourne também seja.