Cinco anos após os eventos do primeiro filme, a batalha contra inimigos alienígenas faz com que a cidade Lego torne-se Apocalipsópolis, em um futuro distópico onde nada mais é incrível. Neste contexto, Emmet constrói uma casa para que possa viver ao lado de Lucy, mas ela ainda o considera ingênuo demais. Quando um novo ataque captura não apenas Lucy, mas também Batman, Astronauta, UniKitty e o pirata, levando-os ao sistema planetário de Manar, cabe a Emmet construir uma espaçonave e partir em seu encalço. No caminho ele encontra Rex Perigoso, um navegante solitário que decide ajudá-lo em sua jornada.